Mardi 13 Mai 2008
CEA
Co-évolution à l’interface des complexes protéiques et prédiction de leurs structures tridimensionnelles.
PNAS (2008), 105, 7708-13.
CEA
Une nouvelle méthodologie baptisée SCOTCH permet de guider la prédiction de structure des complexes protéiques en exploitant l’information de co-évolution contenue dans les alignements multiples de séquences.
Au cours de l’évolution, la surface des protéines a été soumise à d'importantes pressions de sélection permettant de maintenir les interactions avec leurs partenaires protéiques. Bien que les modes d’interaction des protéines soient généralement conservés, les techniques d’analyse de séquences traditionnelles (analyse de conservation ou de covariation) ne détectent que très peu de signal de co-évolution aux interfaces des complexes protéiques. L’absence de ces signaux a même conduit certains auteurs à douter qu’ils soient détectables dans le cas des complexes formés transitoirement (Mintseris & Weng, PNAS 2005). Une équipe du SB²SM vient d’identifier une nouvelle stratégie d’analyse qui consiste à détecter les groupes d’acides aminés voisins dans l’espace et dont les propriétés physico-chimiques ont été maintenues complémentaires au cours de l’évolution. La méthode baptisée SCOTCH (Surface COmplementarity Trace in Complex History) permet d’identifier de façon robuste les signaux de co-évolution et se révèle particulièrement efficace pour prédire la structure des assemblages protéiques.
Madaoui H, Guérois R. (2008). Coevolution at protein complex interfaces can be detected by the complementarity trace with important impact for predictive docking. Proc Natl Acad Sci U S A, 105, 7708-7713.