Jeudi 18 Juin 2009
CEA
Concevoir des mini-protéines d’intérêt diagnostique ou thérapeutique grâce à l’exploration systématique du considérable répertoire structural de la Protein Data Bank.
Nucleic Acids Res (2009) 37, W459-W464.
CEA
La conception de mini-protéines capables d’interagir avec des récepteurs ou des protéines solubles d’intérêt diagnostique ou thérapeutique reste un défi majeur en biologie. Elle peut être réalisée en transférant un petit groupe d’acides aminés, appelé motif fonctionnel, préalablement identifié à l’interface entre une protéine de référence (généralement de haut poids moléculaire) et la cible, sur une petite protéine plate-forme. L’identification de plates-formes capables de reproduire la topologie fonctionnelle du motif que l’on souhaite transférer reste l’étape limitante de cette approche car les résidus du motif à transférer sont en général dispersés sur plusieurs éléments de structure secondaire dans la protéine de référence.
Une équipe de l’iBiTec-S a entrepris le développement d’une nouvelle approche, indépendante de la structure secondaire, permettant d’identifier des plates-formes structurales. Cette méthode est basée sur l’exploration topologique systématique des structures déposées dans la Protein Data Bank (plus de 50000 structures de protéines à ce jour) grâce au programme STAMPS. Une version de ce code a été rendue accessible à la communauté scientifique grâce au site web RASMOT-3D PRO (http://biodev.extra.cea.fr/rasmot3d). Ces outils ont également des applications pour l’identification de fonctions de protéines de structure connue et la conception d’enzymes artificielles.
Debret G, Martel A, Cuniasse P. (2009). RASMOT-3D PRO: a 3D motif search webserver. Nucleic Acids Res.