Mardi 04 Décembre 2007
CEA
HMM-Kalign : Un nouvel outil pour générer des alignements de séquences alternatifs.
Bioinformatics (2007), 23, 3095-3097.
CEA
Un programme informatique mis au point par une équipe du SB2SM permet d’améliorer la modélisation structurale des protéines à basse identité de séquence.
L’amélioration des outils d’analyse de séquences permet désormais de détecter des homologies lointaines entre deux protéines malgré de très faibles taux d’identité de séquences et de modéliser les structures d’un nombre croissant de protéines. Toutefois, en dessous de 25% d’identité de séquence, les méthodes d’alignement traditionnelles commettent de nombreuses erreurs dommageables pour la qualité des modèles structuraux. L’alignement optimal en termes de séquence, peut alors s’avérer très éloigné de l’alignement correct révélé par la comparaison des structures (Figure).
Pour dépasser ces limites, une équipe du SB2SM a conçu le programme HMM-Kalign, en s’inspirant d’un algorithme développé pour la reconnaissance de la parole. L’intérêt de HMM-Kalign réside dans sa capacité à générer les K alignements les plus probables afin de retrouver l’alignement correct parmi cet ensemble. Cette capacité a été évaluée sur 115 alignements difficiles avec des performances qui dépassent les approches antérieures.
Download HMM-Kalign : http://www-spider.cea.fr/Groups/hk3039/view.html
Becker E, Cotillard A, Meyer V, Madaoui H, Guérois R. (2007). HMM-Kalign: a tool for generating sub-optimal HMM alignments. Bioinformatics. 23(22), 3095-3097.