Vendredi 15 Février 2008
CEA
Prédiction d’un réseau d’interactions protéine-protéine chez la cyanobactérie Synechocystis.
JOBIM (2007), 229-234.
CEA
Des interactions protéine-protéine mises en évidence expérimentalement ont été utilisées pour prédire de nouvelles interactions dans une autre espèce suivant un transfert de connaissance d’un organisme à un autre.
Les interactions entre protéines sont à la base des processus biologiques. Les stress environnementaux ont une influence sur les organismes vivants et en particulier sur la plasticité des interactions protéine-protéine pouvant entrainer des modifications du métabolisme. Une équipe du SBIGeM étudie ces processus chez la cyanobactérie Synechocystis, un organisme photosynthétique qui partage un grand nombre de gènes avec les plantes pour mieux comprendre comment le monde végétal réagit à son environnement.
Un grand nombre d’interactions ont été mises en évidence expérimentalement pour les espèces les plus étudiées comme la levure, le ver ou l’homme (INTER), mais peu sont décrites chez Synechocystis. Grâce aux relations d’orthologie qui existent entre ces différentes espèces (PORC), l’équipe a pu prédire des interactions protéine-protéine susceptibles de se produire également chez Synechocystis. Au cours de ce travail, un outil général de prédiction d’interactions (INTEROPORC) a été développé pour plus de 500 espèces. Il aidera à mieux comprendre les processus cellulaires chez ces organismes.
Michaut M, Kerrien S, Montecchi-Palazzi L, Chauvat F, Cassier-Chauvat C, Aude JC, Legrain P, Hermjakob H. (2007). Inference and validation of Synechocystis protein interaction network using orthology. JOBIM, 229-234