Les outils du web
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STRIP
Strategy for Interacting Sites Prediction
Le serveur STRIP permet de prédire les sites d’interaction reconnus par des modules spécialisés dans la reconnaissance des motifs phosphorylées. Le serveur est pour l’instant restreint aux résidus des protéines de S. cerevisiae. Des mutants d’interaction spécifiques peuvent ainsi être conçus. La méthode s’appuie sur une combinaison de différents critères, conservation, probabilité de phosphorylation et spécificités d’interaction des modules. ( lien)
VIRFAM
Remote Homology Detection of Viral Protein Families
Le serveur peut être exploité pour identifier des familles de protéines, très divergentes en séquence, au sein des génomes de bactériophages. 10 séquences peuvent être soumises simultanément. Le processus comprend la génération d’un profil et la comparaison avec les profils de référence par la méthode HHsearch. ( lien)
SCOTCH
Scoring models of complexes using evolutionary data.
Surface Complementarity Trace in Complex History, SCOTCH, est une méthode permettant d’intégrer les informations évolutives dans l’évaluation de modèles de complexes obtenus par docking. Le serveur permet de traiter jusqu’à 10 modèles simultanément à partir des fichiers pdb et des alignements des deux partenaires. ( lien)
HMM-Kalign
Génération d’alignement HMM sous-optimaux
HMM-kalign est un supplément au package HMMER-2.3.2 qui permet de générer l’ensemble des alignements sous-optimaux entre une séquence et un profil. ( lien)