Compétences et outils
Le laboratoire utilise des approches intégrées qui visent
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à mettre en évidence des interactions de faible affinité entre des domaines de protéines,
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à caractériser leur mode d'interaction avec une résolution atomique
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à élucider les détails structuraux permettant la régulation de ces interactions.
Cette approche combine :
- L’analyse bioinformatique des protéines cibles, nécessaire en amont de chacune des études structurales.
- La RMN et la radiocristallographie car ces deux méthodes structurales sont complémentaires : elles permettent d'étudier des objets moléculaires de taille et de dynamique différentes; la RMN est bien adaptée à l’étude structurale de domaines qui comportent des fragments hautement flexibles ou peu structurés et permet d’accéder rapidement aux surfaces d’interaction. La cristallographie permet d’aborder l’étude de protéines ou de complexes de grande taille.
- La biochimie et la biologie moléculaire pour la production des protéines et/ou des domaines protéiques.
- Les méthodes biochimiques d’identification et de caractérisation des interactions protéine-protéine, GST pulldown, résonance plasmonique de surface, calorimétrie.
- Les méthodes de modélisation moléculaire qui permettent d’accéder à la structure de complexes protéine-protéine à partir des données biochimiques, thermodynamiques, RMN, d’évolution etc.
- Le design rationnel d’inhibiteurs des interactions protéines-protéines.
Le laboratoire est équipé de trois spectromètres à haut champs : un 500MHz et un 600 MHz qui ont été rénovés récemment et un 700MHz installé en 2007; les spectromètres 700 et 600 Mhz sont équipes de cryosondes. Les études cristallographiques sont réalisées sur le synchrotron SOLEIL qui est localisé à 2km du laboratoire. Nous disposons pour la modélisation de l’accès aux ordinateurs centraux du CEA et le laboratoire dispose également de moyens propres (deux clusters de PC sous Linux avec plus de 60 processeurs).