CEA Direction des sciences du vivant - iBiTec-S : Enveloppe nucléaire, télomères et réparation de l'ADN (JB. Charbonnier, MH. Le Du & S. Zinn-Justin)

Enveloppe nucléaire, télomères et réparation de l'ADN

Jean-Baptiste CHARBONNIER, Marie-Hélène LE DU & Sophie ZINN-JUSTIN
CEA Saclay/Bât. 144

Tél : 01.69.08.76.77/01.69.08.71.35/01.69.08.30.26
JB.Charbonnier@Cea.fr/Marie-Helene.LEDU@Cea.fr/Sophie.Zinn@Cea.fr

Caractérisation structurale des réseaux d'interaction protéine-protéine par les techniques de cristallographie, RMN, SAXS, fluorescence et calorimétrie.

Moyens humains
Jean-Baptiste CHARBONNIER, Chercheur
Pascal DREVET, Chercheur
Marie-Helene LE DU, Chercheuse
Simona MIRON, Chercheuse
Sophie ZINN-JUSTIN, Chercheuse
Carine TELLIER-LEBEGUE, Technicienne Supérieure
Chantal LANGLOIS, Chercheuse postdoctorale
Yian-Vaï LE BIHAN, Chercheur postdoctoral
Jeremy AMRAM, Doctorant
Benjamin BOURGEOIS, Doctorant
Isaline HERRADA, Doctorante

Thèmes de recherche

La compréhension des processus cellulaires au niveau atomique passe par la détermination de la structure tridimensionnelle de complexes de protéines. Le laboratoire s'intéresse plus particulièrement aux processus de réparation et de signalisation des dommages de l’ADN qui contrôlent la stabilité du génome (thème 1), ainsi qu'aux réseaux de protéines de l’enveloppe nucléaire qui contrôlent l’architecture et la fonction du noyau (thème 2). Du fait de la nécessaire régulation de ces processus et de leurs nombreuses interconnexions, les complexes étudies ne sont pas stables dans le temps mais présentent un comportement dynamique: leur composition et leur architecture moléculaire évoluent. De plus, la plupart des protéines impliquées dans la régulation de ces processus sont constituée de plusieurs domaines structuraux présentant des fonctions biologiques distinctes et reliés entre eux par des régions peu structurées. Ceci facilite la coordination de leurs différentes fonctions biologiques. Le laboratoire utilise une approche intégrée qui vise à mettre en évidence des interactions de faible affinité entre des domaines de protéines, à caractériser leur mode d'interaction avec une résolution atomique et à élucider les détails structuraux permettant la régulation de ces interactions. Cette approche combine :

- L’analyse bioinformatique des protéines cibles, nécessaire en amont de chacune des études structurales. - La RMN et la radiocristallographie car ces deux méthodes structurales sont complémentaires : elles permettent d'étudier des objets moléculaires de taille et de dynamique différentes; la RMN est bien adaptée à l’étude structurale de domaines qui comportent des fragments hautement flexibles ou peu structurés et permet d’accéder rapidement aux surfaces d’interaction. La cristallographie permet d’aborder l’étude de proteines ou de complexes de grande taille. - La biochimie et la biologie moléculaire pour la production des protéines et/ou des domaines protéiques. - Les méthodes biochimiques et biophysiques d’identification et de caractérisation des interactions protéine-protéine, GST pulldown, résonance plasmonique de surface ainsi que le Dichroisme Circulaire par Rayonnement Synchrotron (SRCD) ou la Diffusion des rayons X aux Petits Angles (SAXS) en collaboration avec des scientifiques du synchrotron SOLEIL.
- Les méthodes de modélisation moléculaire qui permettent d’accéder à la structure de complexes protéine-protéine à partir des données biochimiques, thermodynamiques, RMN, d’évolution etc.

Le laboratoire est équipé de trois spectromètres à haut champs : un 500MHz et un 600 MHz qui ont été rénovés récemment et un 700MHz installé en 2007; les spectromètres 500 et 600 Mhz sont équipés de cryosondes. Les études cristallographiques sont réalisées sur le synchrotron SOLEIL qui est localise à 2km du laboratoire. Nous disposons pour la modélisation de l’accès aux ordinateurs centraux du CEA et le laboratoire dispose également de moyens propres (deux cluster de PC sous Linux).

Mots-clés
biologie structurale, RMN, Cristallographie, modélisation

Publications

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