Modélisation de l’influence de la recombinaison méiotique sur le contenu en GC des séquences codantes
CEA
Une équipe de l’iBiTec-S a élaboré un modèle mathématique fondé sur les mécanismes moléculaires de la recombinaison méiotique qui permet de décrire les variations du contenu en GC des séquences codant les protéines chez les eucaryotes. Ce modèle a d'abord été validé chez la levure Saccharomyces cerevisiae, organisme pour lequel les données de recombinaison sont abondantes. Les prédictions du modèle appliquées aux levures du genre Candida sont également cohérentes avec ce qui est connu de leur sexualité (et donc de leur taux moyen de recombinaison). Enfin le modèle semble s'appliquer également aux génomes des eucaryotes supérieurs, dont Homo sapiens. Ces résultats suggèrent que la recombinaison méiotique pourrait fréquemment induire un profil particulier du contenu en GC des séquences codantes chez les eucaryotes, profil dû (i) à l'association de la recombinaison méiotique avec un processus de conversion entraînant une augmentation du contenu en GC et (ii) à la quasi-exclusion de cassures d'ADN double-brin méiotiques des séquences codantes.
Figure 1. Les mécanismes moléculaires impliqués dans la réparation des cassures d’ADN double-brin en méiose.
Figure 2. Schéma illustrant les paramètres du modèle, en particulier l’extension (par rapport à la séquence codante en bleu) des régions converties suite à la réparation des cassures d’ADN double-brin situées dans les zones intergéniques, aux sites di et dj.
Marie-Claude Marsolier-Kergoat, 2011. A Simple Model for the Influence of Meiotic Conversion Tracts on GC Content. PLoS One. 2011). 6(1):e16109.