Laboratoire de radiobiologie et d'etude du génome - Thèmes de recherche
Le LREG est composé de trois équipes ayant chacune leur spécificité de recherche mais avec des interactions fortes:
- Radiobiologie et radiopathologie du tissu cutané (responsables Claudine Geffrotin, Silvia Vincent-Naulleau): étude d'un modèle animal de transmission héréditaire d'une pathologie tumorale (mélanome porcin) ayant des retombées potentielles importantes en pathologie animale et humaine. L'incidence du mélanome chez l'homme est en progression constante. Ce modèle permet d'étudier la progression et la régression tumorale en fonction du microenvironnement tissulaire et de l'exposition à des agents de l'environnement. Pour les études sur le tissu cutané, le modèle porcin est un modèle reconnu et beaucoup plus proche de l'homme que les modèles rongeurs.
- Immunogénétique & génomique porcine (responsables Patrick Chardon, Claire Rogel-Gaillard): l'équipe s'est investit depuis très longtemps dans le domaine de l'immunogénétique porcine et de la génomique structurale comparée du complexe majeur d'histocompatibilité. Dans le cadre de ses objets d'étude elle a développé des outils de génomique structural (banque de BAC) qui lui ont permi d'établir des cartes physiques de régions où sont localisés potentiellement des gènes d'intérêt en sélection, en santé animale et dans le cadre des xénogreffes (par exemple: gènes gouvernant l'expression de pathologie - mélanome ; identifications de gènes intervenant sur la variabilité des caractères - QTL ; CMH: complexe majeur d'histocompatibilité ; sites d'intégration d'endovirus). En 2006-2007, le séquençage complet du génome porcin doit être réalisé par un consortium international dont un des animateurs est le leader de l'équipe. L'équipe s'implique maintenant dans l'étude de la régulation de l'expression des gènes de la réponse immune (gènes du CMH et régions paralogues dans des situations de réponse aux maladies infectieuses et tumorales).
Dans le cadre des comparaisons interespeces de la région du CMH et en raison de l'intérêt biomedical potentiel du modèle lapin (développement embryonnaire), l'équipe a construit une banque de BAC et en liason avec les autres unités du Département de Génétique Animale de l'INRA a developpé les premières cartes cytogénétique et génétique de cette espèce. Le NIH ayant décidé de séquencer le génome du lapin, cette activité va s'arrêter. Mais les comparaisons fonctionnelles en immunogénétique restent un sujet d'étude.
- Génomique animale (responsable Karine Hugot): gestion et animation du CRB national GADIE (Centre de ressources biologiques pour la génomique des animaux domestiques et d'intérêt économique). Ce centre de ressources a été recensé dès 2001 dans le cadre des outils R.I.O. Il gère un patrimoine de ressources génomiques structurales ou expressionnelles pour 8 espèces animales (porc, bovin, poule, truite, lapin, cheval, chèvre, mouton) Il produits des outils de transcriptomique (macro et micro-réseaux sur membrane et lames de verre) pour les quatres premières espèces citée plus haut) du programme national AGENAE-GENANIMAL. Il gère aussi de petits programmes à façon : construction de puce porcine dédiée à l'étude de l'expression des gènes de la réponse immune, construction ordonnancée de banques permettant l'analyse et la comparaison des métagénomes bactériens existant dans l'appareil digestif de l'homme sain et malade (maladie de Crohn), construction de puces dédiées à l'analyse du développement embryonnaire précoce, etc...