Lettre 08 de juin 2007


 
 
Des agents thérapeutiques ciblant des interactions protéine-protéine : mythe ou réalité ?

Les interactions protéine-protéine jouent un rôle fondamental dans les voies de signalisation qui régulent de nombreuses fonctions cellulaires. Les propriétés structurales et fonctionnelles des interfaces protéine-protéine sont à présent mieux connues, offrant par là des opportunités pour des interventions thérapeutiques. Le développement de petites molécules capables de moduler ce type d'interactions est difficile. Néanmoins, des progrès significatifs dans cette direction ont été réalisés sur plusieurs fronts. Différentes approches combinées de biologie structurale et de mutagenèse dirigée permettent de révéler la présence au niveau des interfaces protéine-protéine, d'acides aminés essentiels ("hot spots") pour l'interaction. Une fois l'interface caractérisée, la recherche de molécules inhibitrices peut s'effectuer par trois approches : le criblage réel, le criblage virtuel et la conception de novo.
Des résultats significatifs ont été d'ores et déjà obtenus par cette orientation thérapeutique dans des domaines aussi variés que l'inflammation, la prolifération cellulaire, et la virologie. Dans cette revue publiée par une équipe du laboratoire de Transduction du Signal, les auteurs décrivent quelques exemples qui illustrent ce paradigme émergeant dans la découverte de nouveaux agents anti-cancéreux orientés vers le ciblage d'interactions protéine-protéine opérantes dans les processus d'apoptose telles que Bcl-2-Bax, Smac-XIAP, p53-Mdm2.
Cette stratégie a de grandes chances de faire émerger de nouvelles familles d'agents pharmacologiques actifs dans diverses pathologies.

Medecine Sciences (Paris), 2007, 23(3): 273-278
Contact : Claude Cochet

   
 
Quand neurogenèse et angiogenèse se rencontrent

Au cours du développement du système nerveux central (SNC), neurogenèse et angiogenèse cérébrales sont deux processus synchrones suggérant des modes de régulation communs. Le Laboratoire de Transduction du Signal, en collaboration avec deux autres laboratoires de l'iRSTV (Laboratoire de Chimie et Biologie des Métaux et le Groupe Physiopathologie du Cytosquelette) et un laboratoire de l'Université de Harvard (USA), ont montré un rôle pour le facteur de croissance des cellules endothéliales (VEGF) dans les contrôles de la migration et de la différenciation des cellules progénitrices neuronales (CPN) dans le SNC adulte.

Dans la première partie du travail, les chercheurs ont identifié la protéine IQGAP1 comme un marqueur des CPNs et montré que les CPNs des zones germinatives migrent pour former des niches périvasculaires entourées par des fibres astrocytaires (Figure 1A). Dans ce nouvel environnement, les CPNs se différencieront en neuroblastes. L'invalidation du gène iqgap1 chez la souris induit un retard dans la migration et la différenciation des CPNs. Les chercheurs ont ensuite montré que les CPNs expriment le récepteur au VEGF (Flk1), que le VEGF a une activité chimiotactique sur les CPMs, et que cette activité chimiotactique dépend de l'interaction d'IQGAP1 avec les GTPase Rho (cdc43 et Rac1). Le calcium est un second messager dans la signalisation du VEGF qui lie IQGAP1 aux GTPase Rho. Finalement, les chercheurs ont mis en évidence l'expression spécifique du VEGF par la sous population d'astrocytes qui participe à la formation des niches périvasculaires pour les CPNs. Ces travaux ont permis de proposer un rôle pour le VEGF et pour IQGAP1 dans la migration des CPNs et leur différenciation en neuroblastes.
Ce travail a aussi permis d'établir des similitudes dans l'organisation des CPNs et des cellules souches cancéreuses dans les glioblastomes (Figure 1B). Dans les glioblastomes, IQGAP1 est un marqueur spécifique des cellules souches cancéreuses qui s'organisent aussi en niches périvasculaires (Balenci et al., Cancer Research). La démonstration d'un rôle pour IQGAP1 dans la migration des CPNs permet maintenant d'envisager un rôle pour cette protéine dans la migration des cellules souches cancéreuses des glioblastomes et ouvre de nouvelles perspectives pour comprendre la biologie de ce type de tumeurs.

The Journal of Neuroscience, 2007, 27(17): 4716-4724
Contact : Jacques Baudier

 
De nouvelles données dans la caractérisation et pour l'identification de molécules inhibitrices de l'angiogenèse

L'inhibition du développement tumoral par le blocage du processus de néo-angiogenèse est devenue une stratégie majeure dans la thérapie du cancer depuis qu'un lien étroit entre angiogenèse et croissance tumorale a été établi. Plusieurs facteurs impliqués dans la régulation négative de l'angiogenèse, et présentant un potentiel d'utilisation en thérapeutique, ont été identifiés au cours de la dernière décennie. Parmi ceux-ci, la famille des angiostatines, qui correspond à des fragments cryptiques du plasminogène, et dont il apparaissait nécessaire de préciser les effets et les cibles.
Des travaux réalisés au laboratoire d'Angiogenèse et Physiopathologie Vasculaire, basés sur l'utilisation de la différenciation in vitro des cellules souches embryonnaires (ES) murines, en tant que modèle cellulaire permettant l'analyse des étapes précoces du développement du système vasculaire et de l'angiogenèse, viennent de montrer que l'angiostatine K1-4 est un inhibiteur selectif de l'angiogenèse. En effet, aucune évidence pour une action de l'angiostatine K1-4 sur les étapes précoces d'induction du mésoderme ou de différenciation endothéliale n'a été observée alors qu'elle inhibe le bourgeonnement endothélial des corps embryoïdes en réponse à la stimulation par le VEGF-A. Cette spécificité la distingue d'autres inhibiteurs connus de l'angiogenèse comme l'endostatine et le TGFß.
La mise en place d'un modèle adapté pour du criblage secondaire de facteurs angiostatiques a également été effectuée en vue d'identifier de nouveaux candidats potentiels pour la thérapie anti-angiogène. Les conditions nécessaires en format plaque 12 puits ont été établies pour obtenir la formation de corps embryoïdes angiogéniques lors de la culture de cellules ES ensemmençées directement en gel de collagène de type I. L' analyse quantitative de l'angiogenèse est effectuée à l'aide du logiciel Métamorph. Ce modèle en une étape, validé par les réponses à des facteurs angiostatiques connus, apporte une facilité d'utilisation supérieure aux autres modèles tridimensionnels d'angiogénèse existants, et apparaît particulièrement adapté pour l'analyse des touches moléculaires identifiées lors de criblages primaires à haut débit.

Journal of Cellular Physiology, 2007, 213(1): 27-35
BMC Biotechnology, 2007, 7: 20
Contact : Daniel Vittet

   
 
Inhibition des aspartate kinases d'Arabidopsis

Chez Arabidopsis, 5 isoformes d'aspartate kinase catalysent la première étape de la synthèse des acides aminés essentiels : Lys, Thr et Met. Ce travail réalisé au laboratoire de Physiologie Cellulaire Végétale montre que les trois enzymes sont inhibées de manière lente par la lysine et avec des affinités apparentes différentes. Une seule de ces isoformes (AK1) est inhibée en synergie par la Lysine et la S-adénosylmethionine (SAM). Grâce à la détermination de la structure du complexe AK1-Lys-SAM au laboratoire (Mas-Droux et al., Plant Cell, 2006) un mécanisme d'inhibition a pu être proposé. Ce travail complète l'étude exhaustive des Aspartate kinases bifonctionnelles (Curien et al., JBC, 2005) et des autres enzymes de ce système métabolique ouvrant ainsi la voie à une modélisation mathématique du fonctionnement intégré du système (en cours).

FEBS Journal, 2007, 274(1): 164-176
Contact : Renaud Dumas

       
 
Comment les bactéries pathogènes contrôlent l'assemblage de leur injectisome?

Les bactéries pathogènes pour l'Homme comme Yersinia pestis et Pseudomonas aeruginosa, injectent leurs toxines directement dans la cellule eucaryote en utilisant une nanomachine macromoléculaire, le système de sécrétion de type III, dont la partie centrale s'appelle l'injectisome. L'équipe Interaction bactéries pathogènes - hôte du laboratoire de Biochimie et Biophysique des Systèmes Intégrés de l'iRTSV, en collaboration avec le laboratoire LPM de l'IBS ont découvert le mécanisme qui contrôle l'assemblage du canal de sécrétion. Ce canal de sécrétion est composé uniquement d'une protéine, PscF chez Pseudomonas aeruginosa, qui polymérise sur la surface de la bactérie au contact avec la cellule hôte. Dans la bactérie, la polymérisation est inhibée par un complexe unique, composée de deux chaperons, PscE et PscG, qui capturent PscF en état monomérique. La structure de ce complexe résolu à 2 Å révèle de nombreuses interactions protéine-protéine au sein du complexe qui se sont montrées essentielles à l'assemblage d'un injectisome fonctionnel, ainsi qu'à la cytotoxicité bactérienne vers les cellules. Ce travail a donc permis d'identifier et de caractériser une nouvelle cible pour un développement de nouveaux antibiotiques dirigés contre les facteurs de pathogenicité.

Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 2007, 104: 7803-7808
Contacts : Andréa Dessen, LPM, iBS
Ina Attrée, LBBSI, iRTSV

 
Dynamique stochastique des filaments d'actine

Les filaments d'actine sont des polymères biologiques essentiels à l'intégrité architecturale de la cellule (division, migration cellulaire etc.). En combinant des systèmes biomimétiques capables de reproduire in vitro la motilité cellulaire par polymérisation de l'actine avec la microscopie à onde évanescente (microscopie TIRF) l'équipe Dynamique de l'actine du Laboratoire de Physiologie Cellulaire Végétale a pu étudier la dynamique de l'actine à l'échelle moléculaire. Ces travaux ont permis de reconstituer et visualiser pour la première fois une dynamique stochastique des filaments d'actine, et de démontrer que l'hydrolyse du nucléotide lié à l'actine joue le rôle “d'horloge interne” du filament d'actine, permettant au facteur de dépolymérisation (l'ADF/cofiline) de sélectionner les portions des filaments à préserver ou déstabiliser. Cette propriété associée à un processus de sélection qui permet de stabiliser les câbles de filaments d'actine pourrait être à l'origine de nombreuses structures cellulaires actine dépendantes.

Current Biology, 2007, 17(10): 825-833
Contact : Laurent Blanchoin

       
 
Repliement et dégradation d'IRP 1 humaine dépendent de l'environnement subcellulaire

Les aconitases sont des enzymes identifiés depuis très longtemps. Mais certaines des formes les plus évoluées rencontrées dans le cytosol des cellules animales présentent des activités régulatrices alternatives. Une équipe du laboratoire de Chimie et Biologie des Métaux, et d'autres chercheurs de l'iRTSV et d'ailleurs, a montré que l'une des protéines humaines cytosoliques n'est pas stable lorsqu'elle est adressée dans les mitochondries, localisation classique pour cette activité enzymatique au sein du cycle de Krebs. Cette protéine humaine forme des agrégats denses avec une autre protéine qui rappellent les dépôts observés dans certaines pathologies (les amyloïdoses), notamment neuro-dégénératives telles que la maladie d'Alzheimer, celle de Parkinson ou la chorée de Huntington. Ces résultats montrent que ces défauts de repliement ou de dégradation des protéines dépendent fortement de l'environnement subcellulaire et ciblent les protéines régulatrices, dont la fonction consiste à interagir avec des substrats divers et complexes, de manière privilégiée.

Febs Journal, 2007, 274(4): 1083-1092
Contact : Jean-Marc Moulis


   
 
Le livre « Chemogénomique, des petites molécules pour explorer le vivant », éditions EDP Science, est une introduction à la chemogénomique, à l’usage des biologistes, chimistes et informaticiens, qu’ils soient étudiants, ingénieurs ou chercheurs. Les meilleurs spécialistes français de cette jeune discipline (introduite il y a quelques années par Stuart Schreiber et Tim Mitchison, Harvard) ont contribué sous forme de chapitres pédagogiques, référencés, et se sont entendus pour proposer un glossaire commun. L'ouvrage qui sortira cet été, est rédigé sous la direction de trois chercheurs de l’iRTSV, et implique plusieurs ingénieurs et chercheurs du CEA. Cet ouvrage, résolument pluridisciplinaire est le premier du domaine en langue française.

Publications 2007 de l'iRTSV

       
  Laboratoire d'Angiogenèse et Physiopathologie Vasculaire (LAPV)
Laboratoire de Biochimie et Biophysique des Systèmes Intégrés (LBBSI)
Laboratoire des Biopuces (Biopuces)
Laboratoire de Chimie et Biologie des Métaux (LCBM)
Laboratoire d'Étude de la Dynamique des Protéomes (LEDyP)
Laboratoire Biologie, Informatique et Mathématiques (LBIM)
  Laboratoire de Physiologie Cellulaire Végétale (LPCV)
Laboratoire Transduction du Signal (LTS)
Groupe Physiopathologie du Cytosquelette (GPC)
Groupe Informatique Pour les Scientifiques du sud-Est (GIPSE)
Groupe Plateforme et Moyens Scientifiques et techniques communs (GPMS)

       
   



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