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Jeudi 02 Juin 2005

TULIP, un modèle théorique pour les séquences protéiques, unifiant plusieurs domaines de la bioinformatique et de la biologie évolutive

Des biologistes et biomathématiciens du laboratoire de Physiologie Cellulaire Végétale en collaboration avec d'autres laboratoires ont développé un modèle théorique unificateur pour l'analyse des séquences protéiques.







Des biologistes et biomathématiciens du laboratoire de Physiologie Cellulaire Végétale, en collaboration avec la société Gene-IT, le laboratoire de Biologie Informatique et Mathématiques et le Département d'Ecophysiologie Végétale et de Microbiologie (DEVM, CEA Cadarache) ont développé un modèle théorique unificateur pour l'analyse des séquences protéiques, TULIP.

Cette méthode permet d'une part la résolution de phylogénies moléculaires incohérentes et d'autre part de construire l'évolution reliant les séquences d'une base de données entière sans remettre en cause la topologie générale à chaque amélioration de la base.



Contact : Éric Maréchal




RÉFÉRENCES

Olivier Bastien, Philippe Ortet, Sylvaine Roy and Éric Maréchal
A configuration space of homologous proteins conserving mutual information and allowing a phylogeny inference based on pair-wise Z-score probabilities.
BMC Bioinformatics, 2005,
6: 49

Olivier Bastien, Jean-Christophe Aude, Sylvaine Roy and Éric Maréchal
Fundamentals of massive automatic pairwise alignments of protein sequences: Theoretical significance of Z-value statistics
Bioinformatics, 2004,
20: 534-537