Jeudi 01 Février 2007
DSIR : Une nouvelle méthode in silico de prédiction de l'efficacité des siRNA
Le laboratoire Biologie, Informatique et Mathématiques a conçu en collaboration avec le groupe de bioinformatique de l'école des Mînes Paris une méthode de prédiction de l'efficacité des siRNA appelée DSIR (Designer of Small Interfering Rna).
Les petits ARN à interférence (siRNA) exogènes représentent un outil moléculaire puissant pour l'extinction ciblée de l'expression des gènes et largement utilisé pour l'étude fonctionnelle d'un gène ou encore pour l'identification de nouvelles cibles pour les médicaments. Bien que des progrès considérables aient été récemment accomplis dans la compréhension des mécanismes moléculaires sous-jacents de la voie à ARN interférence, les règles de conception (appelée également «design») de siRNA potentiellement efficaces demeure insatisfaisantes.
Dans le cadre d'un programme soutenu par la Ligue Nationale Contre le Cancer, le laboratoire Biologie, Informatique et Mathématiques a conçu en collaboration avec le groupe de bioinformatique de l'école des Mînes Paris une méthode de prédiction de l'efficacité des siRNA basée sur un modèle linéaire simple permettant de combiner plusieurs niveaux d'information contenus dans la séquence des siRNA. Ce modèle statistique entraîné et testé sur un important jeu de séquences de siRNA publié récemment par Huesken et al., [2005] se révèle plus performant en terme de précision dans la prédiction de l'efficacité potentielle des siRNA tout en offrant l'avantage d'être directement interprétable en terme de descripteurs biologiques. L'analyse du modèle linéaire permet ainsi de détecter et de quantifier l'effet des préférences nucléotidiques connues et nouvelles ; ce modèle révèle également la présence de motifs asymétriques dans les séquences de siRNA fonctionnels qui contiennent une information complémentaire des préférences nucléotidiques à une position donnée. Très récemment, une étude comparative à grande échelle a classé notre méthode DSIR comme l’une des plus performantes parmi les algorithmes actuellement disponibles [Matveeva et al., 2007, Nucleic Acid Res.]. DSIR est désormais implémentée sous forme d’un service Web avec un accès sécurisé incluant également la recherche de gènes hors-cibles (« off-target »).
Contact et demande d’accès : Yves Vandenbrouck
RÉFÉRENCE
Vert JP, Foveau N, Lajaunie C and Vandenbrouck Y
An accurate and interpretable model for siRNA efficacy prediction.
BMC Bioinformatics, 2006, 7: 520