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Équipe Amyloid Fibres: From Foldopathies to NanoDesign



Responsable de l'équipe
 

Dr. Vincent Forge
Chercheur CEA

iRTSV/LCBM
CEA Grenoble
17 rue des Martyrs
38 054 Grenoble Cedex
Tel. : 04 38 78 94 05
Fax : 04 38 78 54 87

 
Membres permanents de l'équipe
 
Christel Marquette : Chercheur CEA
Nicolas Duraffourg : Chercheur CEA
Carole Mathevon : Ingénieur d'Étude CNRS
Elisabeth Chartier : Assistante Ingénieur CNRS
 
Repliement des protéines et fibres amyloïdes
 
Le repliement d'une protéine correspond à son passage d'une chaîne d'acides aminés dépliée (ou pelote statistique) vers une structure tridimensionnelle bien définie et permettant à la protéine d'exercer sa fonction biologique. C'est la dernière étape de l'utilisation de l'information contenue dans l'ADN. Le mécanisme exact qui conduit le repliement des protéines est toujours une énigme et reste un des problèmes centraux de la biologie structurale et cellulaire. La solution à ce problème se trouve à la frontière de la biologie avec la physique et la chimie, et concerne les expérimentateurs autant que les théoriciens.

La compréhension de la réaction de repliement passe par la caractérisation structurale d'états partiellement dépliés de protéines. Ces derniers peuvent être aussi directement impliqués dans un certain nombre de fonctions biologiques : l'adressage vers des compartiments cellulaires et la translocation à travers la membrane (thèses de Grégory Vernier et de Caroline Montagner), la transduction de signaux ou encore la régulation des cycles cellulaires. La réaction de repliement d'une protéine peut nécessiter la présence d'un cofacteur, souvent métallique (thèse de Clément Blanchet). L'absence de cofacteur, ou encore une ou plusieurs mutations dans la structure primaire de la protéine, peut mener à un mauvais repliement et à l'accumulation de fibres amyloïdes. Les pathologies neurodégénératives : maladies d'Alzheimer et de Parkinson par exemple, sont associées au mauvais repliement de protéines particulières.
Protéines amyloïdes et maladies neurodégénératives
 

Les amyloses ont traditionnellement été définies comme des maladies dans lesquelles des protéines normalement solubles s'accumulent dans l'espace extracellulaire des tissus sous forme de dépôts insolubles de fibres riches en structures « feuillet-ß ». Celles-ci incluent des petites protéines solubles comme dans les pathologies neurodégénératives (maladie d'Alzheimer, maladie de Parkinson…), ou des grosses protéines pour les amyloses périphériques (amyloïdose systémique principal, diabète pancréatique, neuropathie du système nerveux autonome…). Dans le cas des maladies neurodégénératives, la formation des dépôts amyloïdes est associée à un stress oxydatif. L'étiologie des amyloses dégénératives montre des mécanismes cellulaires et moléculaires identiques ; l'apparition de dépôts amyloïdes est associée à une apoptose anormale.

Nous avons montré que Bcl-xL, une protéine de la famille Bcl-2 impliquée dans la régulation de l'apoptose, forme des fibres amyloïdes in vitro, mais aussi dans des cellules issues d'un neuroblastome dans certaines conditions de stress oxydant (
Figure 1). Ces résultats suggèrent un lien possible entre apparition de dépôts amyloïdes et apoptose anormale. En effet, Bcl-xL étant une protéine anti-apoptotique, son implication dans des dépôts amyloïdes, devrait entrainer son inactivation et, en conséquence, une augmentation de l'apoptose (Figure 1). Nous explorons cette possibilité par des approches allant de la biophysique à la biologie cellulaire.



Figure 1 : (Microscopie de fluorescence) Immunolocalisation de dépôts amyloïdes (marquage thioflavine T, vert), de Bcl-xL (anticorps marqué avec un Alexa-647, marquage rouge) dans des cellules SHSY5Y en apoptose induite par ZnCl2. (Microscopie électronique) fibres amyloïdes formées par Bcl-xL in vitro.

 
De nouveaux biomatériaux à haute valeur ajoutée
 

Le terme « biomatériaux » n'a longtemps désigné que des matériaux biocompatibles avec l'organisme humain ou animal. Depuis quelques années, ce terme englobe également des matériaux issus de certaines biotechnologies et constitués de polymères d'origine naturelle ou non. Actuellement, les molécules naturelles fréquemment utilisées appartiennent à la catégorie des sucres comme le chitosane, l'acide hyaluronique ou encore les alginates. Depuis plusieurs années maintenant, les matériaux basés sur des polypeptides font l'objet d'importantes recherches. Certains sont d'ailleurs présents dans la nature comme la nacre, les soies ou encore la laine. Les propriétés d'auto-assemblage de ces biopolymères du nano au macroscopique, les rendent particulièrement prometteurs pour l'approche bottom-up utilisée généralement dans le cadre de la conception de nanomatériaux. En effet, les interactions dans et entre les polypeptides sont toutes de faibles énergies (liaisons hydrogènes, ioniques, interactions hydrophobes et forces de van der Waals), mais leur effet cumulatif au sein de structures ordonnées peut aboutir à des objets très stables. Actuellement, de nombreuses recherches portent sur l'utilisation de peptides de synthèse présentant effectivement des propriétés propices à l'auto-assemblage supramoléculaire. Malgré les problèmes soulevés par cette technologie (longueur de la séquence et coûts de production), un certain nombre de matériaux ont déjà vu le jour et notamment sous la forme d'hydrogels destinés principalement à la culture cellulaire en trois dimensions ou au transport de molécules actives.

Dans notre équipe, nous nous intéressons à l'auto-assemblage de protéines qui peut aboutir à des structures variées et stables et donc également former une large palette de biomatériaux. Les protéines utilisées sont issues de biotechnologies qui reposent sur la production de protéines hétérologues par des organismes génétiquement modifiés. Une de nos autres stratégies est de travailler avec des protéines naturelles par exemple, les protéines du lait. Certaines protéines du lait comme l'α-lactalbumine peuvent s'auto-assembler pour former divers objets en fonction des conditions utilisées (
Figure 2). Par exemple, à haute température, elle est capable d'interagir avec le lysozyme, pour former à l'échelle du micromètre, des microsphères poreuses utilisables par exemple pour la délivrance de molécules bioactives (thèse de Delphine Salvatore). Dans d'autres conditions, l'α-lactalbumine est également capable de s'auto-assembler pour former des fibres de plusieurs centaines de nanomètres de long (Figure 2, en haut à gauche) qui peuvent ensuite grandir jusqu'à plusieurs dizaines de micromètres si elles sont placées en présence de liposomes (Figure 2, en bas à gauche). D'autres assemblages sous forme de nanotubes, s'obtiennent par protéolyse partielle de la protéine (Figure 2, en bas à droite). Ces nanotubes sont capables d'interagir et de s'organiser pour former des hydrogels.



Figure 2. Variété de matériaux obtenus par auto-assemblage d'une protéine. La topologie de la chaîne polypeptidique de l'α-lactalbumine est représentée au centre de la figure. Les chaînes latérales ne sont pas reportées. Les hélices α sont colorées en rouge/jaune et le feuillet ß en bleu. La sphère verte est un ion calcium fixé à la protéine. Les différents matériaux obtenus par auto-assemblage de cette protéine sont décrits dans le texte.

 
Thèses soutenues
 
Delphine Salvatore.
Interactions à l'échelle moléculaire et mécanismes d'assemblage de deux protéines alimentaires : l'α-lactalbumine et le lysozyme.
[Résumé] [Thèse en ligne]

Christophe Horwath.
Réalisation de nanofils de protéines.
[Résumé] [Thèse en ligne]

Clément Blanchet.
Repliement des protéines et formation de fibres amyloïdes. Le cas de l'α-lactalbumine.
[Résumé] [Thèse en ligne]

Caroline Montagner.
Approche biophysique de l’étude de l’insertion du domaine de translocation de la toxine botulique dans les membranes.
[Résumé] [Thèse en ligne]

Grégory Vernier.
Protéines amphitropiques : diversité conformationnelle et versatilité des interactions protéines-lipides. Cas d'étude de l'
α-lactalbumine.
[Résumé] [Thèse en ligne]

Natalia Bouchmarina.
Étude du mécanisme du repliement des protéines par les méthodes biophysiques sur deux protéines modèles : l'
α lactalbumine et l'anhydrase carbonique B.
[Résumé]
 
Publications
 
2012 

Chenal A, Vendrely C, Vitrac H, Karst JC, Gonneaud A, Blanchet CE, Pichard S, Garcia E, Salin B, Catty P, Gillet D, Hussy N, Marquette C, Almunia C and Forge V
Amyloid fibrils formed by the programmed cell death regulator Bcl-xL.
Journal of Molecular Biology, 2012, 415(3): 584-599

 

Rennella E, Cutuil T, Schanda P, Ayala I, Forge V and Brutscher B
Real-time NMR characterization of structure and dynamics in a transiently populated protein folding intermediate.
Journal of the American Chemical Society, 2012, 134(19): 8066-8069


2011 

Chassaing A, Pichard S, Araye-Guet A, Barbier J, Forge V and Gillet D
Solution and membrane-bound chaperone activity of the diphtheria toxin translocation domain towards the catalytic domain.
FEBS Journal, 2011, 278(23): 4516-4525

Man P, Montagner C, Vitrac H, Kavan D, Pichard S, Gillet D, Forest E and Forge V
Accessibility changes within diphtheria toxin T domain upon membrane penetration probed by hydrogen exchange and mass spectrometry.
Journal of Molecular Biology, 2011, 414(1): 123-134

Salvatore D, Croguennec T, Bouhallab S, Forge V and Nicolai T
Kinetics and structure during self-assembly of oppositely charged proteins in aqueous solution.
Biomacromolecules, 2011, 12(5): 1920-1926

Salvatore DB, Duraffourg N, Favier A, Persson BA, Lund M, Delage MM, Silvers R, Schwalbe H, Croguennec T, Bouhallab S and Forge V
Investigation at residue level of the early steps during the assembly of two proteins into supramolecular objects.
Biomacromolecules, 2011, 12(6): 2200-2210


2010 

Man P, Montagner C, Vitrac H, Kavan D, Pichard S, Gillet D, Forest E and Forge V
Accessibility changes within diphtheria toxin T domain when in the functional molten globule state, as determined using hydrogen/deuterium exchange measurements.
FEBS Journal, 2010, 277(3): 653-662


2009 

Bouvier D, Spagnol G, Chenavas S, Kieken F, Vitrac H, Brownell S, Kellezi A, Forge V and Sorgen PL
Characterization of the structure and intermolecular interactions between the connexin40 and connexin43 carboxyl-terminal and cytoplasmic loop domains.
Journal of Biological Chemistry, 2009, 284(49): 34257-34271

Chenal A, Prongidi-Fix L, Perier A, Aisenbrey C, Vernier G, Lambotte S, Fragneto G, Bechinger B, Gillet D, Forge V and Ferrand M
orrigendum to "Deciphering membrane insertion of the Diphtheria toxin T domain by specular neutron reflectometry and solid-state NMR spectroscopy".
Journal of Molecular Biology, 2009, 394(3): 587


2008 

Galloux M, Vitrac H, Montagner C, Raffestin S, Popoff MR, Chenal A, Forge V and Gillet D
Membrane interaction of botulinum neurotoxin A T domain: The belt region is a regulatory loop for membrane interaction.
Journal of Biological Chemistry, 2008, 283(41): 27668-27676

Leonil J, Henry G, Jouanneau D, Delage MM, Forge V and Putaux JL
Kinetics of fibril formation of bovine κ-casein indicate a conformational rearrangement as a critical step in the process.
Journal of Molecular Biology, 2008, 381(5): 1267-1280


2007 

Man P, Montagner C, Vernier G, Dublet B, Chenal A, Forest E and Forge V
Defining the interacting regions between apomyoglobin and lipid membrane by hydrogen/deuterium exchange coupled to mass spectrometry.
Journal of Molecular Biology, 2007, 368(2): 464-472

Montagner C, Perier A, Pichard S, Vernier G, Menez A, Gillet D, Forge V and Chenal A
Behavior of the N-terminal helices of the diphtheria toxin T domain during the successive steps of membrane interaction.
Biochemistry, 2007, 46(7): 1878-1887

Perier A, Chassaing A, Raffestin S, Pichard S, Masella M, Menez A, Forge V, Chenal A and Gillet D
Concerted protonation of key histidines triggers membrane interaction of the diphtheria toxin T domain.
Journal of Biological Chemistry, 2007, 282(33): 24239-24245

Schanda P, Forge V and Brutscher B
Protein folding and unfolding studied at atomic resolution by fast two-dimensional NMR spectroscopy.
Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 2007, 104(27): 11257-11262

Vernier G, Chenal A, Vitrac H, Barumandzadhe R, Montagner C and Forge V
Interactions of apomyoglobin with membranes: Mechanisms and effects on heme uptake.
Protein Science, 2007, 16(3): 391-400