Le plateau d'analyse protéomique accueille des demandes d'analyse (collaborations et prestations) émanant de laboratoires à la fois académiques (soit à l'intérieur de l'institut soit d'autres laboratoires publics) et industriels.
Plate-forme technologique de protéomique
Une plate-forme protéomique de la Génopole Rhône-Alpes, développant de nouvelles approches méthodologiques pour la micro-analyse des protéines et assurant des travaux de protéomique au travers de nombreuses collaborations locales, régionales et nationales (programmes Génoplante et GenHomme).
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Le plateau d'analyse protéomique du CEA a été conçu pour mettre à la disposition de la communauté scientifique un ensemble de technologies destinées à la microanalyse de protéines par spectrométrie de masse.
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 Descriptif |
| Afin de rendre les échantillons analysables en spectrométrie de masse, un système robotisé va préparer ces échantillons (issus de gels d'électrophorèse mono- ou bi-dimensionnelle) qui se trouvent sous format de microplaques 96 puits. L'identification des peptides, obtenus par digestion enzymatique des protéines de l'échantillon, vont être identifiés dans un second temps par spectrométrie de masse en confrontant les résultats expérimentaux à différentes banques de données protéiques. La validation des protéines contenues dans l'échantillon va aboutir à l'envoi d'un compte-rendu de résultats au demandeur, qui pourra également bénéficier de l'expertise du plateau pour un suivi de son projet.
Les offres d'analyses proposées par le plateau (selon la nature et lac omplexité de l'échantillon soumis) ont pour objectif l'obtention d'un répertoire protéique le plus exhaustif possible. Pour ce faire, le plateau dispose de méthodes d'analyses robustes et validées issues d'un transfert de technologie venant de la partie recherche du laboratoire EdyP (Étude de la Dynamique des Protéomes). De ce fait, d'autres offres pourront être proposées par la suite par le plateau concernant de nouvelles approches méthodologiques plus poussées. Un ensemble de logiciels développés par l'équipe Informatique / Bio-informatique du laboratoire EdyP sont déployés sur le plateau de façon à assurer : i) une traçabilité des analyses (LIMS regroupant à la fois les informations sur la nature des échantillons et les résultats des analyses en spectrométrie de masse) et ii) une validation des résultats évitant toute redondance dans les protéines identifiées. Une interface web est en cours de développement afin que chaque personne intéressée par les offres du plateau d'analyse puisse déposer une demande d'analyse en ligne et suivre l'avancée du traitement de son (ses) échantillon(s) jusqu'au téléchargement du compte-rendu d'analyse final. |
| Équipement |
- Robot préparateur d'échantillon (EVO Digest 150, Tecan) pour le traitement des échantillons sous format de microplaques 96 puits (décoloration des morceaux de gel, réduction des ponts di-sulfure, digestion, dépôt MALDI si nécessaire, préparation des peptides pour leur injection en LC-MSMS). - Chromatographie liquide nano-débit (CapLC, Waters) couplée à un spectromètre de masse en tandem de type Q-TOF (QTOF Ultima, Micromass) pour les analyse en LC-ESI-MS/MS. - Un autre instrument destiné à l'analyse des échantillons par le plateau est en cours d'acquisition par le laboratoire. |
| Contacts
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Direction des Sciences du vivant : Jérôme Garin |