CEA Direction des sciences du vivant : Plate-forme de production de puces à ADN

Plate-forme de production de puces à ADN

Une plate-forme de production de puces à ADN située à la Génopole d'Evry. Labellisée plate-forme nationale par le Consortium national de la recherche génomique, elle fournit les outils nécessaires (puces et bio-informatique) aux équipes de recherche académique. Sa capacité de production annuelle est de 10 000 puces. Elle fabrique en routine des puces homme (27 000 gènes), des puces souris (25 000 gènes), des puces levure (6300 gènes).

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La plate-forme de production de puces à ADN du CEA a été implantée au sein de la génopole d'Evry. Opérationnelle depuis 2000, sa mission est de fournir des puces à ADN aux équipes de recherche académiques et aux par tenaires industriels du CEA.


Un des robots spotteurs à 48 aiguilles

Un outil de production performant
Les puces à ADN sont un support solide de quelques cm² sur lequel sont fixés, de manière organisée, des milliers de séquences d'ADN différentes. Ces fragments servent de sondes génétiques pour mesurer le niveau d'expression des gènes pour des études de programmations cellulaires (développement, réponses à l'environnement, cancérisation, réponses aux stress, aux drogues..). Sur une seule puce, l'ensemble du génome humain (30 000 gènes) peut être analysé en une étape.
La fabrication des puces à ADN commence par un choix judicieux des séquences de gènes qui seront déposées sur la puce. Une fois sélectionnées par analyse bioinformatique des banques de données internationales, ces séquences sont produites en grande quantité par une réaction d'amplification. Elles sont ensuite déposées à haute densité sur des lames de verre à l'aide de robots de microdispense.

Utilisation des puces :
Les sondes génétiques capturent de façon très spécifique les fragments d'ADN complémentaires contenus dans un échantillon biologique à tester. La détection par un système d'acquisition et de traitement d'images permet de quantifier cette capture. Grâce à des logiciels de bioinformatique spécialement conçus à cet effet, les résultats sont ensuite validés statistiquement et interprétés dans le contexte biologique.

Ressources

Personnel : 35 personnes (dont 6 en bioinformatique).

Equipement :
- 6 thermocycleurs PCR (1 728 amplifications/j),
- 4 robots spotteurs (dont 2 à 48 aiguilles),
- 1 robot manipulateur de liquide,
- 3 scanners, 1 bioanalyseur,
- 2 serveurs

Produits

La plate-forme d' Évry a déjà permis la production :
- de puces homme (12 000 gènes),
- de puces souris (15 000 gènes),
- de puces levure (6 300 gènes et 6 300 régions intergéniques),
- de puces Arabidopsis thaliana (9 500 gènes).

Capacité de production : 10 000 puces par an.

Un exemple d'application Les puces à ADN produites pour le CEA sont utilisées dans le cadre des programmes de radiobiologie et de toxicologie nucléaire. Elles servent notamment à rechercher des marqueurs spécifiques d'exposition aux rayonnements ou à identifier des gènes responsables de la sensibilité individuelle.
		Thyroïdes normales	Thyroïde porteuses de cancers folliculaires

	Identification de 163 gènes permettant de différencier une thyroïde normale d'une thyroïde porteuse de cancer folliculaire.

Contacts :
X. Gidrol (gidrol@dsvidf.cea.fr),
C. Vincent (christian.vincent@cea.fr)